Михаил Иванович Капустин родился 10 сентября 1837 года в семье священника Спасо-Преображенской церкви села Батурино, Шадринского уезда, Пермской губернии (ныне Курганская область) Иоанна Леонтьевича Капустина (26 сентября 1793 г. – 22 марта 1865 г.). Мать — Мария Григорьевна Варлакова — священническая дочь (25 января 1794 г. – 10 марта 1876 г.).

Как и все пять его старших братьев, в 1846 году Михаил поступил в Далматовское духовное училище, по окончании которого в 1852 году отправляется в Пермь, где 1 сентября 1852 года поступает в Пермскую духовную семинарию (ПДС). В 1858 году, по окончании семинарии по первому разряду, поступил в Московскую духовную академию, которую в 1862 году окончил со степенью магистра богословия.

Определен 18 августа 1862 года (по рекомендации митрополита Московского Филарета (Дроздова), как особо благонадежный воспитанник) учителем (наставником) в Пермскую духовную семинарию, где преподавал последовательно логику, психологию, патристику, немецкий язык, латинский язык, миссионерские науки, педагогику, греческий язык и обзор философских знаний, заведовал воскресной школой при ПДС.

15 февраля 1867 года обвенчан с Марией Петровной Ярушиной (род. 12 января 1850 года), дочерью священника Петропавловского собора Петра Васильевича Ярушина (впоследствии Пермский градоблагочинный протоиерей (16 декабря 1827 г. – 15 августа 1890 г.)). 30 ноября 1867 года родился сын Иоанн, 23 августа 1869 года дочь Екатерина.

Михаил Иванович сыграл важную роль в организации работы «Пермских епархиальных ведомостей». С самого основания издания (первый номер ПЕВ вышел 10 мая 1867 года) до оставления службы в семинарии в 1873 году состоял членом редакционного комитета, «...ведавшим перепиской и сношениями с разными лицами и учреждениями». Много писал на страницах издания.

30 марта 1870 года назначен Святейшим Синодом членом комиссии по разбору архивных дел Пермской духовной консистории. С этой деятельностью связаны архивные публикации М. И. Капустина по церковной истории края. 28 марта 1871 года за отлично-усердную службу и особые труды Всемилостивейше пожалован кавалером ордена св. Станислава 3-й степени. 24 ноября 1871 года получил чин титулярного советника. 15 ноября 1873 года уволен от службы при ПДС по случаю выбора и утверждения в должности мирового судьи  Пермского уезда. 6 октября 1876 года указом Святейшего Правительствующего Синода за № 3227 утвержден в степени Магистра богословия (магистерский диплом за № 520).

С 29 ноября 1873 года состоял в должности мирового судьи по 7-му участку Пермского уезда. С 1 февраля 1883 года служит мировым судьей по 3-му участку  Шадринского уезда. С 1 февраля 1887 года — мировой судья 4-го участка Шадринского уезда. 30 марта 1891 года указом Правительствующего Сената  № 4760 уволен «...в отставку, с предоставлением ему права носить в отставке мундир, должностью мирового судьи присвоенный».

Семья переезжает в Пермь. Михаил Иванович продолжает свою литературную деятельность. Мария Петровна с середины 1891 года владеет типографией (хромолитографией). Сын Иван Михайлович — чиновник. Дочь Екатерина Михайловна — врач. С 28 апреля 1894 года Михаил Иванович избран членом Пермской губернской ученой архивной комиссии (ПУАК). 13 апреля 1904 года избран ее Почетным членом «за любовное отношение» к работе.

16 мая 1894 года не стало Марии Петровны Капустиной. Последующие десять лет Михаил Иванович много писал, читал (выписывал почти все популярные журналы, издававшиеся в России), занимался переводами с немецкого, французского, английского, итальянского языков. Шесть лет жизни посвятил созданию «Словаря-справочника Пермского прошлого».

Потомственный почетный гражданин, Почетный член Пермской губернской ученой архивной комиссии, магистр богословия, статский советник Михаил Иванович Капустин скончался 18 сентября 1904 года и погребен на Старом кладбище, возле алтарной стены храма Успения Пресвятой Богородицы.