С кон. 1936 по 29.6.1947 и с 4.3.1949 по 19.7.1990 кафедра не замещалась, управлялась Ленинградскими (Ленинградскими и Новгородскими, Ленинградскими и Ладожскими) митрополитами (с 28.8.1944 по 7.9.1945 — архиепископом Псковским и Порховским). В период финской оккупации значительной части Карелии, включая Петрозаводск (лето 1941 – сент. 1944), церковная жизнь на оккупированной территории организовывалась Финляндской Православной Церковью Константинопольского Патриархата (не находившейся в тот период в евхаристическом общении с Русской Православной Церковью), в большинстве храмов служили ее клирики, при этом официально Финляндская Православная Церковь оккупированную советскую территорию в свой состав не включала.