В день начала Успенского поста, 1/14 августа 1922 года, когда прихожане, как обычно, принесли в тюрьму передачу для митрополита Вениамина, им сообщили, что «гражданин Казанский» — так в миру три десятилетия звался Владыка — и приговоренные вместе с ним к расстрелу архимандрит Сергий, профессора Н. И. Ковшаров и Ю. П. Новицкий «потребованы и уже отправлены в Москву».

Следователи Петроградского ревтрибунала вскрыли в Александро-Невской Лавре опечатанные митрополичьи покои и изъяли «в уплату судебных издержек» большую часть принадлежавших Владыке вещей — тридцать одну икону, двадцать две фотографии, зеркальный шкаф с книгами, три ковра, семь столовых стульев, зеркало, настольные часы, кровать металлическую с двумя матрасами, лампу, деревянную тарелку с яйцами.

А полутора сутками раньше, ночью, обритых и одетых в лохмотья, чтобы их не опознали и не отбили у конвоя питерцы, митрополита и приговоренных вместе с ним к высшей мере наказания отвезли на станцию Пороховые по Ириновской железной дороге и расстреляли. Но и спустя многие годы верующие повторяли легенду, что мученики живы, поселены в каком-то глухом монастыре и вот-вот явятся народу.

11 октября 1990 года Верховный суд РСФСР отменил приговор, и уголовное дело семидесятилетней давности было «производством прекращено за отсутствием в их действиях состава преступления».

Архиерейский Собор Русской Православной Церкви, проходивший с 31 марта по 5 апреля 1992 года в Московском Свято-Даниловом монастыре, причислил всех четверых новомучеников к лику русских святых. «А честные останки их, в безвестных могилах покоящиеся, на произволение Божие оставляются» (из публикации М. Вострышева в Журнале Московской Патриархии (1993. № 2. С. 37)).

В предсмертном письме из тюрьмы, за несколько дней до расстрела владыка Вениамин писал:

«Трудно, тяжело страдать, но по мере наших страданий, избыточествует и утешение от Бога. Трудно переступить этот рубикон, границу, и всецело предаться воле Божией. Когда это совершится, тогда человек избыточествует утешением, не чувствует самых тяжких страданий, полный среди страданий и внутреннего покоя, он других влечет на страдания, чтобы они переняли то состояние, в каком находится счастливый страдалец. Об этом я ранее говорил другим, но мои страдания не достигали полной меры… Христос наша жизнь, свет и покой. С Ним всегда и везде хорошо. За судьбу Церкви Божией я не боюсь…»

Священномучениче Вениамине, моли Бога о нас!