Основан 30.4.1893 как «поселок при строительстве моста через Обь» и «поселок при станции Обь», с 28.12.1903 «безуездный город с упрощенным городским управлением» (в документах продолжал называться поселком), с дек. 1908 безуездный город с правами городского самоуправления в полном объеме, с 17.4.1917 уездный город.

Пос. Александровский был официально переименован Министерством внутренних дел в пос. Новониколаевский 17.12.1898, однако самими жителями, в печати и многих документах поселок назывался Николаевским с 3.12.1895 (первое упоминание).

Административный центр Новониколаевского уезда (17.4.1917–25.5.1925), Новониколаевского (с 12.2.1926 Новосибирского) округа (25.5.1925–30.7.1930), Новосибирского р-на (7.6.1929–2.3.1932, 22.2.1939–10.4.1957*, 26.3.1958–1.1.1963, с 11.1.1965), Новосибирского сельского р-на (1.1.1963–11.1.1965).

В 20.2.1922 по лето 1922 существовало Новониколаевское викариатство Томской и Алтайской епархии.

* С 10.4.1957 по 26.3.1958 административным центром Новосибирского р-на был рабочий поселок Чемской.