Основан не позднее XIII в., являлся опорным пунктом северных владений Новгорода. С сер. XV в. в составе Великого княжества Московского. В 1462–1481 центр удельного Вологодского княжества, с 1481 — Вологодского уезда (до 1.10.1929).

Административный центр Вологодской обл. (часть Вологодского наместничества; 25.1.1780–12.12.1796), Вологодского р-на (1.10.1929*–20.6.1932, с 1.9.1938).

Епископы Великопермские и Вологодские (1492–1571) часто именовались Пермскими и Вологодскими (один и тот же архиерей в разных документах именовался по-разному), и уже по крайней мере с 1524 — также и Вологодскими и Великопермскими, Вологодскими и Пермскими (в связи с постепенным перемещением центра епархии из Усть-Выми в Вологду).

Для периода с 6.5.1788 по 30.1.1888 в современных исследованиях и справочных изданиях большей частью приводится название епархии: «Вологодская и Великоустюжская» (такое же, какое у нее было в XX в.), однако в документах того периода епархия называется «Вологодской и Устюжской» (см., например: О преобразовании викариатства Вологодской епархии : [Высочайшее утверждение доклада Святейшего Синода, 30.1.1888 г.]; Русские епархии в XVI–XIX вв., их открытие, состав и пределы / И. Покровский. Казань, 1897–1913. Т. 2 : (XVIII в.). С. 565, 841 и др.). 
__________________________________

* Северный край был образован постановлением ВЦИК от 14.1.1929 г., в котором о дате его образования говорилось: «образовать с 1 октября 1929 года», окружное и районное деление этого края определялось постановлением Президиума ВЦИК от 15.7.1929 г. Поэтому датой образования Северного края, его округов и районов и датой прекращения существования Вологодской губ. принято 1.10.1929 г.