Как русская крепость основан в 1586 (поселения на месте Уфы существовали с древнейших времен). Административный центр Уфимского уезда (1586–21.7.1922), Уфимского кантона (21.7.1922–20.8.1930), Уфимского р-на (с 20.8.1930 (с 1.2.1963 по 13.1.1965 — Уфимского сельского р-на)), Уфимской обл. (29.5.1952–30.4.1953). Уфимская провинция, центром которой Уфа была с 29.5.1719 по 23.12.1781, не входила с 27.7.1728 по 15.3.1744 в состав какой-либо губернии, подчиняясь непосредственно Сенату (с сер. 1730-х до 3.3.1740 подчинялась Сенату как напрямую (по одним вопросам), так и через Оренбургскую комиссию (экспедицию) и Комиссию башкирских дел (по другим); управление крепостями в Уфимской провинции в этот период относилось к компетенции властей Казанской губ.).

С кон. 1937 до февр. 1942 архиереи на Уфимскую кафедру не назначались. После ареста 1.8.1937 последнего правящего Уфимского архипастыря управляющим Уфимской епархией был назначен правящий епископ Куйбышевской епархии, который стал именоваться «архиепископом по Куйбышевской и Уфимской областям», однако и он был арестован 27.10.1937, после чего и Куйбышевская кафедра оставалась незамещенной (до сент. 1941). 13.10.1941 управление Уфимской епархией было поручено проживавшему в Уфе епископу Можайскому Сергию (Гришину).

Источники о периоде до 16.10.1799 (Казанская епархия) см. на странице Казани.